基因芯片筛查外周血中胃癌转移相关基因(1)
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【摘要】 目的 应用基因芯片筛查外周血中胃癌转移相关基因，为探究外周血中胃癌转移分子标志物提供线索。方法 采用phalanx人全基因组表达谱芯片检测胃癌发生转移患者与未发生转移患者外周血中基因表达谱差异，利用生物信息学技术分析检测结果。结果 从外周血中筛选出胃癌转移相关差异表达基因157个，表达上调基因92个，表达下调基因65个，涉及细胞粘附和运动基因、蛋白水解酶基因等。结论 胃癌转移过程涉及多个不同功能基因表达的改变，运用基因芯片技术可初步从外周血中筛选出胃癌转移相关基因。
【关键词】
胃癌；外周血；转移；基因芯片；基因表达谱
Screening of metastasis associated genes in peripheral blood of gastric carcer patients by gene chips
HUANG Su-ying, TIAN Jun, YING Min-gang,et al.School of Public Health,Fujian Medical University，Fuzhou 350004,China
【Abstract】 Objective
To screen the differentially expression genes related to metastasis of gastric carcer by gene chips, in order to identify marker gene candidates of gastric carcer metastasis in peripheral blood.Results The gene chips of Whole Human Genome Microarray (32050 human genes, phalanx) were used to detect the differential gene expression profiles in peripheral blood between gastric carcer patients with metastasis and with not. The results were analyzed by bioinformatics methods. Results 157 differentially expression genes in peripheral blood were identified,including 92 up-regulated genes and 65 down-regulated genes. They were genes associated with cell adhesion and motility, genes associated with protien degradation,etc. Conclusion Gastric carcer metastasis process is very complicated, involved many genes with different function. The metastasis related genes in peripheral blood of gastric cancer patients can be selected preliminarily by gene chips.
【Key words】
Gastric cancer；Peripheral blood；Metastasis；Gene chip; Gene expression profile
基金项目：福建省教育厅科技项目(项目编号：JB06224);福建医科大学教授基金(项目编号：JS060018)
作者单位：350004福建医科大学公共卫生学院(黄素英 陈华 田俊)；福建省肿瘤医院 (应敏刚 郭福榕)；福州市疾病预防控制中心 (詹文青)
通讯作者：陈华 E-mail:gwyb2@mail.fjmu.edu.cn
胃癌患者出现复发和(或)转移是影响胃癌患者生存期的重要因素。从分子水平探索胃癌转移机制，寻找理想的胃癌转移相关分子标志物，预测患者的预后情况，制定个体化治疗方案，是进一步提高胃癌患者生存率的有效途径。本文采用全基因组表达谱芯片技术，分析出现转移与未出现转移的胃癌患者以及健康者之间外周血基因表达谱的差异，筛选与胃癌转移相关的差异表达基因，并探讨其生物学意义。
1 资料与方法
1.1 样本收集 选择经临床和组织病理检查确诊为胃癌，未化疗且排除其他原发性肿瘤的胃癌患者10例，其中胃癌转移组5例(转移至肝脏)，胃癌未转移组5例；另选择健康体检自愿者5例为对照组。经知情同意后，采集外周血5 ml，分离有核细胞，送上海康成生物工程有限公司进行phalanx人全基因组表达谱芯片(人32050个基因)检测。
1.2 胃癌转移相关基因筛选
筛选全基因组表达谱芯片获取的基因差异表达水平≥2，且经T-test统计分析显著差异表达的基因(P<0.05)，判定为差异表达基因，采用Panther system分析与胃癌转移相关的阳性基因 ......
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