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编号:13567674
基于Lable-free蛋白质组学技术研究大黄素致大鼠肝损伤作用机制(3)
http://www.100md.com 2019年1月15日 《世界中医药》 20192
     1.3 统计学方法

    1.3.1 蛋白鉴定及差异蛋白筛选

    将通过实验得到的串联质谱数据与数据库模拟得到的理论质谱数据进行匹配,从而得到蛋白质鉴定的原始结果。数据处理采用含Paragon algorithm算法的Protein Pilot Software v.5.0(AB SCIEX,USA)软件进行,本次实验使用的数据库为大鼠数据库,数据库来源于Uniprot。基于蛋白质鉴定的原始结果进行分析筛选得到可信蛋白。可信蛋白筛选标准:Peptide≥1。

    基于可信蛋白进行显著差异表达蛋白的筛选。差异蛋白筛选标准:首先将3次实验的可信蛋白数据进行合并,利用v-lookup函数,将3次实验中相同ID的蛋白合并到一起。然后利用组内比较设置矩阵数组,最后利用t-test算法计算出模型组与空白对照组的差异变化倍数FC以及差异显著性值 P ,采用 P <0.05,且FC变化为1.5倍进行差异蛋白筛选(即FC>1.5或FC<0.67)。

    1.3.2 生物信息学分析

    基因本体论(Gene Ontology,GO)是基因本体联合会(Gene Ontology Consortium)建立的数据库 ......
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