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编号:13211622
基于分子模拟技术筛选大黄、羌活、秦艽的5—LOX、LTA4H抑制剂(3)
http://www.100md.com 2017年12月1日 中国中药杂志 2017年第23期
     1.2.3 药效团模型的评价验证 利用测试集对构建的模型进行验证,根据3个评价指标选择最优的药效团模型,分别是活性化合物有效命中率(HRA)、辨识有效性指数(IEI)、综合评价指数(CAI) [17]。

    HRA值越高说明所得到的药效团识别活性化合物的能力越强;IEI值越大说明所得到的药效团辨识活性化合物和非活性化合物的能力越强;CAI值越高说明所得到的三维药效团的数据库搜索能力越好。

    1.2.4 数据库的初步筛选 从DrugBank数据库 (https://www.drugbank.ca/)中分别检索得到针对5-LOX和LTA4H具有抑制活性的上市药物作为阳性药,下载其化合物3D结构并与最优药效团进行匹配。采用2个靶标的最优药效团模型对大黄、羌活和秦艽3味中药成分数据库进行初步筛选,搜索模式为Best Search,匹配模式为柔性匹配,其余为默认参数。最终保留与最优药效团完全匹配且匹配值高于抑制活性最高阳性药的化合物用于分子对接研究。

    1.3 分子对接研究

    1.3.1 分子对接数据来源 2个靶标的蛋白三维结构从PDB数据库(http: //www.rcsb.org)中下载获得 ......
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