1材料与方法

    11程序系统本研究所有工作均在Microsoft Windows XP Professional 操作系统中完成，采用ChemBioOffice2004程序(美国剑桥公司)中的ChemBioDraw模块、Accelrys公司的Discovery Studio 25。参数设置除非特殊指明，均为默认值。

    12受体数据库的组建选取6个与血管新生相关的靶点，分别为内皮血管生长因子a(VEGFa)、血管生长素受体(TEK)、内皮生长因子受体2(KDR)、内皮生长因子受体1(FLT1)、成纤维细胞生长因子受体1(FGFR1)和成纤维细胞生长因子受体2(FGFR2)，从RCSB PDB数据库(http：//wwwrcsborg/pdb/home/homedo)搜索并下载对应的蛋白晶体结构，PDB 编号及原配体与靶点残基作用情况，见表1。蛋白晶体前处理及结合口袋的定义：删除水分子、原配体分子及其非相关的蛋白质构象，经Clean Protein工具处理，再加CHARMm力场进行能量优化，定义蛋白为受体 ......