2疾病和药物相关网络的分解

    构建出疾病、药物相关的整体网络之后，第2步需要对这些大网络进行分解，或识别出其中的亚网络。由于整体网络的类型不同，文献中对识别出来的亚网络也有多种称呼，如：模体，模块，基本流量模式，社团结构等，这些亚结构对网络拓扑结构和动力学的理解具有重要作用。在网络组织方式方面， 调控网络可以分为4个层次结构： 调控元件、Motif、模块和整个网络[9]。Motif和模块都是由基因集合构成的调控模式， 是分析网络局部特征和网络构成以及研究调控机理的重要结构[9]。代谢网络研究表明，代谢网络是以一种模块化的、分层的方式组织起来的，通过某种网络分解方法把代谢网络划分成相对独立的子网可以更好地理解复杂网络的模块性和组织原则，而且网络分解对于代谢网络的功能分析也是必要的。相同疾病或表型相似的疾病的致病基因通常都存在于相同的生物学模块里，这些模块可以表现为蛋白质复合物、通路、或蛋白相互作用的子网络等多种形式。因此，用网络分析方法研究疾病的重要一步就是识别出与特殊病理表型相关的疾病亚网络，反之它们也会影响药物研发[2]。

    目前，人们已经提出了大量的网络分解的方法。其中大部分方法都是基于聚类算法的 ......